圣犹达儿童研究医院研究人员提出BOUQUET算法，将三维基因组相互作用纳入图论与机器学习框架，识别增强子群落及其与蛋白质凝聚体相关的基因，并在《核酸研究》发表。

该框架面向scRNA-seq数据，结合自适应基因选择、流形结构去噪与多分辨率层级聚类，用于构建高分辨率“细胞图谱”，并在36个来自人类与小鼠组织的数据集上完成评估。

EMBL巴塞罗那研究人员开发LimbLab，以应对胚胎发育研究中二维方法难以刻画三维过程的限制。该开源流程面向小鼠肢体发育研究，并提供从体积数据清理、网格构建到样本对齐与基因表达三维展示的模块化工作流。