暗物质被物理学界视为塑造宇宙结构的关键成分之一。研究者通常将其描述为一种通过引力将恒星、行星与星系“聚拢并维系”的不可见网络。尽管相关观测与理论研究持续推进，但暗物质的真实属性至今仍未被直接确认，其存在主要通过对可见物质的引力影响被间接推断。

与暗物质并列，暗能量同样被认为是当代宇宙学的核心谜题之一。暗能量常被用来解释宇宙加速膨胀现象。围绕这两类未知成分的探索，不仅推动了基础科学研究，也引发了更广泛的宗教与哲学讨论。一些科学家表示，信仰或精神实践与科学探究并非必然冲突，反而可能在面对长期未解的问题时提供支撑与灵感；也有人认为，将神圣意义直接系于科学结论可能带来误解。

在暗物质研究史上，天文学家维拉·鲁宾（Vera Rubin）因在20世纪70年代对星系旋转曲线的观测而被广泛认为提供了暗物质存在的早期有力证据。鲁宾曾将自身的犹太信仰视为理解个人在宇宙中位置的一种指引。2009年，博士生钱达·普雷斯科德-温斯坦（Chanda Prescod-Weinstein）与鲁宾见面时，鲁宾向她提出“如何解决暗物质问题”的问题。普雷斯科德-温斯坦表示，这一提问促使她转向研究可能解释暗物质的理论粒子“轴子”，并称自己从重建主义犹太教教义与《托拉》中获得科学灵感。

另一位天体物理学研究者布列塔尼·卡迈（Brittany Kamai）表示，自己因对暗物质与暗能量的兴趣进入该领域，并成为第二位获得相关博士学位的夏威夷原住民。她曾参与费米实验室全息仪（Fermilab Holometer）的开发，该仪器旨在帮助理解时空的构成。此后，卡迈回到夏威夷的精神与航海传统，接受天体导航训练，在不依赖现代仪器的情况下借助星象、风与海浪进行航行。她认为，科学界在追寻这些宇宙谜题时可能忽视了“灵性”这一维度，并提出深海环境或许能为理解暗能量提供新的线索。

道格·沃森（Doug Watson）在担任博士后研究暗物质期间曾经历怀疑与倦怠。他表示，在妻子的介绍下接触国际克里希纳意识协会（ISKCON，俗称“哈雷克里希纳运动”）后，自己从一个鼓励怀疑、好奇与探究的宗教传统中获得慰藉。沃森研读《斯里玛德·巴嘎瓦塔姆》（Srimad Bhagavatam）等经典，并称其中关于克里希纳“目光赋予宇宙生命”的叙事，让他联想到量子力学中的观察者效应——即对量子系统的测量或观察会改变其状态。他强调，不应将宗教文本与科学事实直接等同，但这些故事可以启发对宇宙起源的不同思考方式。

对于在暗物质等议题中寻求神圣意义的做法，也有科学家表达谨慎态度。天体生物学家亚当·弗兰克（Adam Frank）指出，科学结论会随研究进展而变化，不宜将信仰或精神寄托在“论文图表的起伏”之上。作为禅宗佛教徒，他认为科学与精神追求之间更真实的连接在于二者共同激发的敬畏感。

马萨诸塞州圣十字学院的伊斯兰学者兼宗教学教授卡纳尔·达格利（Caner Dagli）则表示，对信徒而言，接受世界不存在超越性并不可行。他指出，一些哲学立场可能认为只要计算能力足够，就能用方程式完全理解宇宙，但这与穆斯林关于上帝介入历史、回应祈祷的信念并不相容。

亚利桑那大学天文学教授克里斯·伊姆佩伊（Chris Impey）曾多次应达赖喇嘛邀请访问印度，为藏传佛教僧侣与尼姑授课。他表示，被神秘宇宙所震撼的体验在某种意义上接近精神体验。作为不可知论者，伊姆佩伊认为佛教传统能够容纳一个数十亿年历史的古老宇宙，也能容纳多重世界、其他世界的生命以及更先进生命的可能性。

在基督教传统中，也有研究者将科学探究视为通向神性的路径之一。多伦多大学教授、耶稣会神父、梵蒂冈天文台兼职学者亚当·欣克斯（Adam Hincks）表示，对某些人而言，沉思暗物质与暗能量等宇宙议题可以提升心灵并指向上帝；他同时指出，自然界的其他事物也可能成为类似的“通道”。

澳大利亚天体物理学家肯·弗里曼（Ken Freeman）被认为是“暗物质先驱”之一，其1970年的研究被视为首次为螺旋星系中不可见质量提供现代证据。弗里曼表示，自己对直觉在科学发现中的作用保持好奇，并提到有信仰者可能会将突如其来的灵感视为“圣灵的作用”。当被问及研究暗物质的冲动是否源于此，他表示不会直接如此断言，但认为这是一种“挥之不去的可能性”。

基督徒天体物理学家詹妮弗·怀斯曼（Jennifer Wiseman）则表示，在探究宇宙重大谜题并思考如何利用科学进步服务人类时，自己会从信仰中汲取智慧。她说，研究深邃宇宙可能让人感到渺小，但也可能带来团结感，因为人们共同生活在同一颗星球上，并希望由此获得喜悦、谦卑与爱。