宾夕法尼亚大学推出机器人微流控平台LIBRIS,加速脂质纳米颗粒配方生成以支持AI建模

人工智能已被用于设计针对抗生素耐药感染和遗传疾病的候选药物,但在脂质纳米颗粒(LNP)设计领域的应用仍相对有限。脂质纳米颗粒是mRNA疗法的重要递送载体,包括新冠疫苗所采用的递送系统。

宾夕法尼亚大学工程师团队近日开发出一套名为LIBRIS的自动化微流控平台,旨在以更高速度和更大规模生成脂质纳米颗粒配方,从而为训练预测性人工智能模型提供所需的数据基础。相关研究发表在《ACS Nano》上。

研究共同通讯作者、宾夕法尼亚大学生物工程副教授Michael J. Mitchell表示,该平台有望将脂质纳米颗粒的开发速度提升“多达100倍”。他指出,脂质纳米颗粒的配方空间极其庞大,约存在10的15次方种可能组合,而要借助人工智能探索这一空间,需要远多于当前水平的数据。

脂质纳米颗粒设计之所以困难,在于每种配方通常由多种脂质成分共同构成,不同成分比例会影响颗粒在细胞内递送遗传指令的方式。研究人员仍缺乏将化学输入与生物学结果系统关联的清晰图谱,而数据不足被认为是主要原因之一。

数据瓶颈:配制环节限制规模化

研究团队介绍,生成新的脂质纳米颗粒配方通常包括三个环节:合成新的可电离脂质;将这些脂质与其他成分混合形成配方;对所得颗粒进行测试。团队称,合成与测试环节已具备支持大规模数据集的能力,但配制环节的吞吐量仍明显不足。

该研究第一作者、宾夕法尼亚大学生物工程博士生Andrew Hanna表示,研究人员可以较为容易地合成数千种新的可电离脂质,并测试数千种脂质纳米颗粒配方,但在配制阶段“每小时只能配制几十到几百种颗粒设计”。

目前常用的制备方式包括手工混合成分,或使用微流控装置在狭窄通道内通过压力推动成分混合。Hanna称,这一过程“缓慢且耗时”,且难以并行制备多种设计;每次运行后还需要清洗设备并重新开始。

团队同时指出,机器人液体处理器虽可制备大量脂质成分库,但往往依赖不一致的混合方式,可能导致批次间差异;更受控的微流控系统能够产生更一致的颗粒,但多以串行方式运行,单次产量有限。Hanna表示,真正的瓶颈在于纳米颗粒的制备规模,若无法扩大产出,就难以生成机器学习模型所需的大型系统数据集。

LIBRIS:并行通道与连续运行提升产出

研究团队称,LIBRIS可被视为一座“微型工厂”。系统通过管路将不同脂质纳米颗粒成分输送至玻璃微流控芯片,芯片由铝制外壳包裹;在芯片内部,成分在微观通道中以精确控制的压力完成混合。芯片下方的塑料孔板快速移动,用于收集形成的颗粒溶液。

与传统系统相比,LIBRIS芯片采用平行通道设计,可同时生成多达八种不同配方。由于通道可快速清洗,平台可实现近乎连续运行。团队称,该系统每小时可生产约1000种脂质纳米颗粒配方,速度约为手动微流控方法的100倍。

研究共同通讯作者、宾夕法尼亚大学生物工程教授David Issadore表示,人工智能擅长识别模式,但要发现将化学结构与生物效应联系起来的规律,需要足够规模的数据让模式显现。他称,如果能够生成“大型、定义明确的脂质纳米颗粒库”,就有望形成识别模式所需的数据集,从而进一步释放基于脂质纳米颗粒的治疗潜力。

从筛选走向“理性设计”

研究团队指出,当前新脂质纳米颗粒配方的开发多依赖试错:先构建相关颗粒库,再在细胞或动物中测试并筛选表现最佳的变体。团队表示,这一路径已带来重要成果,包括被用于FDA批准mRNA疫苗的脂质纳米颗粒,但仍难以在实验前预测新配方的表现。

团队认为,LIBRIS在保持对颗粒组成精确控制的同时显著提高配制吞吐量,有望缩小这一差距。研究人员下一步计划绘制特定化学输入如何影响生物学结果的图谱。

Mitchell表示,团队的目标是从“筛选”转向“设计”,即从“哪种效果最好”转为“需要什么属性、如何构建以实现这些属性”。他称,该平台为开始回答这一问题奠定了基础。


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