谷歌DeepMind发布AlphaGenome,称可辅助识别疾病遗传驱动因素

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谷歌DeepMind研究人员近日发布一款名为AlphaGenome的人工智能工具,并表示该工具将帮助科学家识别疾病的遗传驱动因素,从而为新疗法研发提供支持。

AlphaGenome的核心能力在于预测基因突变如何干扰基因调控过程,包括改变基因何时被激活、在哪些细胞中激活,以及调控水平是增强还是减弱。研究人员指出,许多常见的家族遗传疾病——如心脏病、自身免疫性疾病以及部分精神健康问题——与影响基因调控的突变相关,许多癌症也存在类似机制,但要从大量遗传差异中锁定真正的致病缺陷并不容易。

DeepMind研究员Natasha Latysheva在新闻发布会上表示,团队将AlphaGenome视为理解基因组功能元素作用的工具,希望它能加速对“生命密码”的基础理解。

人类基因组由约30亿对字母组成,即DNA编码中的G、T、C和A。研究人员介绍,约2%的基因组区域负责指导细胞制造蛋白质,而其余部分主要承担调控功能,携带决定特定基因在何时、何地以及以何种程度被激活的关键信息。

据介绍,研究团队使用人类和小鼠遗传学公共数据库对AlphaGenome进行训练,使其学习特定组织中突变与基因调控影响之间的关联。该模型一次可分析多达100万字母的DNA编码,并预测突变对不同生物过程的影响。

DeepMind团队表示,AlphaGenome有望帮助研究人员绘制对特定组织(如神经细胞、肝细胞)发育至关重要的遗传编码片段,并更精准地定位驱动癌症及其他疾病的关键突变。团队还称,该工具可能支持新型基因疗法的开发,例如帮助设计新的DNA序列,实现某个基因在神经细胞中被激活、而在肌肉细胞中不被激活。

加拿大不列颠哥伦比亚大学研究员Carl de Boer(未参与该项工作)表示,AlphaGenome能够识别突变是否影响基因组调控、哪些基因受到影响,以及影响方式和涉及的细胞类型;在此基础上,研究人员可进一步开发药物以抵消相关影响。他同时指出,长期目标是建立足够精准的模型,以至于无需实验即可验证预测;尽管AlphaGenome代表重要创新,但实现这一目标仍需科学界持续努力。

目前已有部分科学家开始使用AlphaGenome。伦敦大学学院儿科血液肿瘤学临床教授Marc Mansour表示,这一工具使其在寻找癌症遗传驱动因素方面出现“质的飞跃”。埃克塞特大学统计遗传学家Gareth Hawkes则指出,非编码基因组占30亿碱基对基因组的98%,人们对2%的编码区了解较多,而AlphaGenome能够预测剩余29.4亿碱基对区域的功能,这对相关研究而言是重要进展。


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